Âgé d'à peine une quarantaine d'années, le clan Matsumoto est récent. Matsumoto Kaoru, un jeune Yakuza, a rallié à sa cause une poignée d'hommes dignes de confiance pour reprendre le contrôle de la préfecture de Nagano, reniant le clan auquel il appartenait. Devenu Oyabun par la force, Kaoru a bien entendu décidé de soutenir le clan Muranaka pour la prise de contrôle de Tokyo. C'est ainsi qu'il y a quarante ans, les deux clans sont devenus alliés.
Grâce à leur accord, les hommes du clan Matsumoto peuvent circuler librement au sein de Tokyo, et même y tenir un commerce.

Avec l'arrivée de Kenji au rang d'Oyabun pour succéder à son père Kaoru mort de vieillesse, le clan s'est modernisé. Il accepte désormais plus facilement les femmes, et même quelques métisses. Néanmoins, le clan n'accepte toujours pas les étrangers; il faut au minimum être à demi Japonais pour intégrer leurs rangs. Encore largement minoritaires, rares sont les métisses ou les femmes qui dépassent le rang de Kyôdai. Seul Fujiwara Yoshimaru a réussi à se hisser au rang de Wakagashira malgré de lointaines origines occidentales. Certains murmurent que c'est uniquement grâce à son amitié de longue date avec le chef. Mais personne n'ose rien dire. Après tout, tout le monde sait de quoi Fujiwara est capable si on le met en colère...


Les Yakuza n'existent pas qu'à Tokyo, ils sont également à l'extérieur bien que ces derniers aient tendance à être plus discrets au milieu des civils nippons. Le clan Matsumoto, basé à Nagano, est un clan allié depuis de nombreuses années à celui de Tokyo. Néanmoins, bien qu'ils soient en paix, les deux clans sont très différents. Ne parlez pas de trafic de drogue à un homme du clan Matsumoto ! Ces hommes respectent encore le Ninkyôdô, code ancestral des Yakuza traditionalistes :

1.Tu n'offenseras pas les bons citoyens.
2.Tu ne prendras pas la femme du voisin
3.Tu ne voleras pas l'organisation
4.Tu ne te drogueras pas
5.Tu devras obéissance à ton supérieur
6.Tu accepteras de mourir pour le père ou de faire de la prison pour lui
7.Tu ne devras parler du groupe à quiconque
8.En prison, tu ne diras rien
9.Il n'est pas permis de tuer un katagari (personne ne faisant pas partie de la pègre)